Azərbaycanda dənizçilik təhsili 1881-ci ilin noyabrından başlamışdır.
Azərbaycan Respublikası Mərkəzi dövlət tarix arxivində Bakı şəhər başçısının Qafqaz baş idarəsi rəisinə Bakıda 21 (8) noyabr 1881-ci ildə Dənizçilik siniflərinin açılması barədə məlumat vardır.
Həmin illər Bakı dənizçilik siniflərində oxuyanların əksəriyyəti dənizdə işləyənlər idi. Tədris ili 1 noyabrdan 1 aprelə kimi müddətdə (qış mövsümü ilə əlaqədar olaraq Həştərxana dəniz yolunun bağlı olması, buxarla işləyən və yelkənli donanmanın Bakı portunda qışlaması dövrü) təşkil edilirdi.

Dənizçilik siniflərini hər il 25-30 nəfər gəmi sürücüsü və 15-18 nəfər şkiperlər bitirirdi.
1896-cı ildə dənizçilik sinifləri nəzdində mexanika kursu (sonralar – Gəmi mexanikləri məktəbi) açıldı.
Əksər Azərbaycan dənizçiləri təhsilini bu siniflərdə almışdılar.

1 iyul 1902-ci ildə Bakı dənizçilik sinifləri əsasında üç illik Bakı uzaq səfərlər məktəbi yaradıldı və eyni zamanda məktəbin tərkibində hazırlıq kursları təşkil edildi.

1 oktyabr 1921-ci ildə Bakı su nəqliyyatı texnikumunda istehsalatdan ayrılmamaqla axşam şöbəsi və istehsalatdan ayrılmaqla əyani şöbə açıldı.

Dəniz nəqliyyatı mərkəzi idarəsinin və Yollar xidməti üzrə Xalq komissarlığının sərancamı ilə 1 oktyabr 1924-cü ildə Bakı su nəqliyyatı texnikumu Bakı su yolları texnikumu adlandırılaraq, Xəzər Dəniz gəmiçiliyinin tabeliyinə verildi.

1925-ci ildə texnikumda Azərbaycan bölməsi açıldı. 1930-cu ilin martında hökumətin sənaye texnikumlarının sahələr üzrə yenidən təşkili haqqında qərarına uyğun olaraq 1 sentyabr 1930-cu ildə Bakı su yolları texnikumu Bakı dənizçilik texnikumu adlandırıldı. 1944-cü ilin martından Bakı dənizçilik texnikumu Bakı dəniz yolları məktəbi adlandırıldı.

Azərbaycan Respublikası 1991-ci ildə yenidən müstəqillik əldə etdikdən sonra Bakı dəniz yolları məktəbinin bazasında Azərbaycan Respublikası Nazirlər kabinetinin 15 iyul 1996-cı il 91 saylı qərarı ilə Azərbaycan Dövlət Dəniz Akademiyası yaradıldı.